Gli scopi della F.I.S.A. sono:

• tutelare il prestigio dell'Agopuntura
• contribuire alla diffusione dell'Agopuntura e alla sua integrazione con la moderna medicina
• fornire una corretta informazione sull'Agopuntura
• difendere l'Agopuntura come atto medico
• favorire tutte le iniziative che possono apportare acquisizioni culturali alle Società che rappresenta
• nominare suoi rappresentanti presso Commissioni, Enti o Organizzazioni a livello regionale, nazionale e internazionale
• collaborare con i suddetti Enti o Organizzazioni per la realizzazione di iniziative o provvedimenti che possono interessarla
• rappresentare presso le Autorità nazionali e internazionali, gli interessi dei propri associati
• istituire borse di studio e premi (sponsorrizzazioni) da assegnare ai ricercatori più meritevoli delle società aderenti per la ricerca coordinata, da parte delle Società e della F.I.S.A. stessa, in agopuntura e tecniche complementari